这种模式可以使不同生态位的生物群在系统中占据一席之地，更充分地利用太阳能、水和矿质养分，在空间和时间上建立多层次、多序列的产业结构，从而获得更高的经济效益和生态效益。这种生态农业可分为立体种植、立体养殖和立体种植与养殖结合。
物质循环与生态农业发展模式
这是根据生态系统中能量流动和物质循环的规律设计的良性循环的生态农业系统。在这个系统中，一个生产环节的输出（废物、废料输出）是另一个生产环节的输入。系统中的各种废弃物在生产过程中可以一次次被循环利用，从而获得更高的资源利用率。可分为种植业、种养业结合、种养加沼气结合、种养沼气三结合、种养加沼气四结合循环利用类型。
生物相互克制的生态农业发展模式
该模型是利用生物之间的相克关系人为地调节生物种群，增殖生态系统中害虫的天敌种群，减少害虫、鸟类、杂草和细菌的危害，从而减少农作物的经济损失。可分为用虫防虫、用鸟防虫、用草防草、用草防虫和用菌防虫等模式。
主要因素调控的生态农业发展模式
该模式主要针对当地的主要环境问题，采取人为措施对主要形成因素进行调控。在一些地区，由于过度砍伐森林和开垦草地，土地荒漠化和水土流失已成为影响农业生产和生态平衡的主要因素。通过植树造林、治理荒漠化、治理水土流失等措施，可以改变生态环境。此外，还有商、工、农相结合的生态农业发展模式，以及以园林经济为基础的庭院农业生态发展模式。
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